立法會財務委員會於2003年批准撥款1億5,000萬元，以在《社會福利署署長法團條例》下設立「嚴重急性呼吸系統綜合症（「綜合症」）信託基金(「基金」)，以體恤的理由，為綜合症病故者的受供養家屬、部份「綜合症」康復者和部份曾接受類固醇治療引起較長遠的後遺症的「綜合症」'疑似'患者(所指的是在入院時經臨床推定為感染「綜合症」，並曾接受類固醇治療，其後界定為非「綜合症」的人士)發放特別恩恤金或特別恩恤經濟援助。立法會財務委員會分別在2007年及2011年批准向基金增加撥款合共1億元。而在《行政長官2017年施政報告》中，亦已公布將向基金再注資5,000萬元，以便繼續支援病患者及其家人。

基金只會涵蓋在2003年3月至6月「綜合症」爆發期間作臨床推定為在香港感染「綜合症」的香港居民。自2006年1月1日起，基金已不再接受新的申請，除非醫院管理局初步認為欲提出申請的人士有可能出現由「綜合症」導致的功能失調。

所發放的援助屬特別和恩恤性質，並建基於不代表承認任何法律責任的前提，而且會在徵詢獨立的委員會後由社會福利署署長批核。

向「綜合症」病故者家屬發放的特別恩恤金

向「綜合症」康復者及曾接受類固醇治療的「綜合症」'疑似'患者提供的特別恩恤經濟援助
 

當局已成立一個委員會，由非官方人士擔任主席，成員來自組合均衡的非官方代表，亦有官方代表的參與。委員會就基金的運作和申請的審批，向政府提出建議。

當局亦已成立一個由非官方人士擔任主席的覆檢委員會。

若基金受助人日後在普通法下成功獲得因「綜合症」損害的賠償，他們須將相應所得的特別恩恤援助歸還基金（以較低金額者為準）。